SAA建筑设计对马卡蒂医疗中心的设计重造工作，率先从研究大厅的设计以缓解人流和车流拥堵问题开始。通过交通调查和流线研究，我们分析出一个深层次的问题：医院多年来以无序、有机的方式发展，背后并没有一个行之有效的总体规划来把控，进而导致了随后的其他若干问题。例如，医院的某些部分是为了应对眼前的需要而增加的，却并没有考虑到医院的整体功能规划，因此，新增的科室导致了医院内部的人群交叉拥堵。

SAA建筑设计对医院进行改造，新的总体规划将各部门进行重新划分，优化了交通流线。改建工程被打包成独立的项目，医院可以随着时间的推移逐步实施各个分项工程。总体规划囊括了医院在未来几十年想达到的长期愿景，也制定了医院如何实现这一目标的行动方针。此外，SAA建议在医院内建造一座新大楼，满足额外所需的面积诉求。

马卡蒂医疗中心正基于总体规划逐步改造，目前，CT扫描中心和综合妇女中心已经改造完成。